Como funciona

Antes de usar a integração no dia a dia, vale entender o modelo mental por trás dela. Diferente da integração antiga com o Mercado Livre, esta integração foi pensada para uma ideia central: você continua trabalhando do jeito que já trabalha e emitindo suas notas como sempre fez. O papel dela é apenas organizar os pedidos pagos do Mercado Livre e enviar a nota fiscal para lá.
O princípio mais importante desta integração: ela nunca cria pedido no ERP. Os pedidos pagos do Mercado Livre são apenas espelhados numa lista de trabalho dentro da tela de conciliação. Essa lista é um retrato dos pedidos do marketplace para você acompanhar e casar com suas notas — não é um pedido do ERP, não movimenta estoque e não entra no faturamento por conta própria. Se você já conhecia a integração antiga (o HUB, que criava pedidos automaticamente), esta é a grande diferença.
Os 4 passos
O trabalho todo se resume a quatro passos, sendo que o terceiro é opcional. Você faz o primeiro e o segundo com frequência (normalmente todos os dias ou a cada período de vendas), e o quarto quando a nota já estiver emitida e casada.

Sincronizar — Você informa a conta do marketplace e um período (data inicial e final) e clica em Sincronizar. O sistema busca no Mercado Livre os pedidos pagos daquele período e os traz para a lista de trabalho. Só pedidos pagos são trazidos, porque são esses que geram nota fiscal. É o ponto de partida: sem sincronizar, a lista fica vazia.

Conciliar — Aqui o sistema casa a nota fiscal que você já emitiu com o pedido correspondente do Mercado Livre. Na maioria das vezes isso acontece sozinho; quando há dúvida, você confirma manualmente. Conciliar é o que amarra "esta nota é deste pedido", e é pré-requisito para enviar a nota ao Mercado Livre.

Faturar assistido (opcional) — Se você ainda não emitiu a nota, o sistema pode abrir a tela de emissão de NF já pré-preenchida com o destinatário, os itens e o número do pedido do Mercado Livre. É só uma comodidade para agilizar. Este passo é totalmente opcional: se você prefere continuar emitindo suas notas do jeito que já faz, pode pular direto para a conciliação e o envio.

Enviar — Com a nota emitida e conciliada, você a envia ao Mercado Livre, uma por vez ou várias de uma vez (em lote). O sistema decide sozinho a forma de envio conforme a logística do pedido e confere, na hora, se aquele pedido não foi cancelado antes de enviar.

Conciliação em poucas palavras
Conciliar é simplesmente casar a nota fiscal que você já emitiu com o pedido certo do Mercado Livre. O sistema tenta fazer isso automaticamente de duas maneiras:

Pelo carimbo do número do pedido — Quando a nota traz o número do pedido do Mercado Livre gravado nas Observações de Interesse do Contribuinte (o que chamamos de "carimbo"), ou quando você escreve algo como ML Venda 1234567890 nas Informações Complementares, o casamento é certeiro. Essa é a forma mais confiável.

Por semelhança — Se não houver carimbo, o sistema procura o pedido mais provável comparando o CNPJ/CPF do destinatário, o valor dos produtos e a data. Nesse caso ele indica um grau de Confiança (Alta, Média ou Baixa) para você conferir antes de confirmar.

Dica prática: se você já tem o hábito de carimbar o número do pedido do Mercado Livre na nota, a conciliação tende a acontecer sozinha e com Confiança Alta, sobrando pouquíssimo trabalho manual. O capítulo Conciliação explica isso em detalhe.
Como a NF chega ao Mercado Livre
A forma como a nota chega ao Mercado Livre depende da logística do pedido. Você não precisa escolher nada: o sistema roteia sozinho. A tabela abaixo resume o que acontece em cada caso.

Logística do pedido
O que o sistema faz com a NF

Flex e ME1 (você mesmo entrega/despacha)

Anexa a nota ao pacote — apenas disponibiliza o documento ao comprador, sem mexer no status do envio.

Correios/Agência, Places, Coletas e Coleta rápida

Importa a nota no envio — muda o status do envio e libera a impressão da etiqueta.

Full (o estoque está no Mercado Livre)

Nada — nesse modelo o próprio Mercado Livre emite a nota. O envio não se aplica e a linha aparece como Não aplicável.

A diferença entre anexar e importar é o que muda no Mercado Livre depois do envio. Anexar (Flex e ME1) só disponibiliza a nota para o comprador — o despacho continua por sua conta. Importar (Correios, Places, Coletas e Coleta rápida) faz o Mercado Livre avançar o status do envio e liberar a etiqueta, porque nesses modelos a nota precisa estar presente para o pacote seguir. Você não precisa decidir qual dos dois usar; o sistema identifica a logística e faz o certo.
O Mercado Livre só aceita NF-e de produção. Notas emitidas em ambiente de homologação/teste são sempre rejeitadas no envio. O capítulo Envio da NF ao Mercado Livre detalha as mensagens de erro e o que fazer em cada uma.
Preparado para outros marketplaces
Embora hoje a integração funcione apenas com o Mercado Livre, ela foi construída de forma multi-marketplace por dentro. Isso significa que, no futuro, outros marketplaces (por exemplo, a Shopee) poderão ser adicionados sem mudar a sua forma de trabalhar: o mesmo fluxo de sincronizar, conciliar e enviar continuará valendo.